Mavi balina, Uluslararası Doğa ve Doğal Kaynakları Koruma Birliği tarafından tehdit altındaki türlerden biri olarak kabul edilmektedir. Mavi balinaların nüfusunun 2002 yılında yapılan bir araştırmaya göre 5000 ile 12000 arasında olduğu tahmin edilmektedir. Bundan önceki dönemlerde dünyada 200000 civarında mavi balina bulunduğu düşünülüyor.
Güçlü ve hızlı olmaları sayesinde mavi balinaları yakalamak ve öldürmek kolay bir iş değildir. Bu özellikleriyle balina avcılığının erken dönemlerinde avcıların hedefi olmaktan uzak kalmışlardır. Ancak ispermeçet balinası gibi daha küçük ve avlanması daha kolay olan türler bu dönemlerde yaygın olarak avlanmış ve nüfusları ciddi şekilde azalmıştır. Bunun sonucunda, balina avcıları giderek daha büyük türlere yönelmiş ve sonunda mavi balinalar da hedef haline gelmiştir.
1864 yılında Norveçli Svend Foyn bir buharlı gemiyi büyük balinaları avlamak için özel olarak tasarlanmış zıpkınlarla donatmış. Bu sayede etkin bir balina avcılığı dönemi başlatmıştır. 19. yüzyılın sonuna gelindiğinde Kuzey Atlantik okyanusunda gök balina nüfusu tükenmiştir.
1946 yılında uluslararası balina ticaretini sınırlayan ilk kısıtlamalar devreye girmiştir.
Mavi balinaların avlanması 1960 yılında yasaklandıktan sonra önceki nüfuslarının sadece % 1’i kadar artış görülmüştür.
Uluslararası Doğa ve Doğal Kaynakları Koruma Birliği tarafından oluşturulan Tehdit Altındaki Türlerin Kırmızı Listesi'nde (UDKB'nin Kırmızı Listesi) yer aldığı günden bu yana, mavi balinalar tehdit altındaki türlerden kabul edilmektedir. B. musculus indica adındaki Hint Okyanusu'na özgü alt tür Tehdit Altındaki Türler Listesi'nde yoktur.
Avlanması küresel olarak yasaklanmasına rağmen mavi balina nüfusunun artmasının önünde yine de olası tehditler bulunmaktadır. Bu tehditler aşağıdaki gibidir:
Denizlerdeki kirlenmeye bağlı olarak klorlu bifenil kimyasalların yoğunluğunun artması. Bu kimyasalların balinaların kanında birikmesi ve zehirlenme nedeniyle erken ölümlerine sebep olması.
Artan okyanus trafiğinin gürültü oluşturması. Bu gürültü balinaların seslenişlerini boğmakta ve eş bulma ihtimallerini azaltmaktadır.
Bu sebeplerden dolayı günümüzde mavi balinaları kurtarmanın mümkün olamayacağı bildirilmektedir.
